Los PHA comerciales tienen un costo elevado en comparación con los polímeros convencionales, debido a las materias primas que utilizan como fuente de carbono. Alrededor del 50 % de los costos totales de producción de PHA se deben a las materias primas, lo que genera altos costos de producción.

Además, la industria de PHA ha expresado su preocupación ya que la mayoría de los PHA se producen principalmente a partir de cultivos alimentarios (cereales), caña de azúcar y aceites vegetales. La producción de estas fuentes de carbono compite con la producción de alimentos y piensos. Por lo tanto, es recomendable elegir sustratos baratos, fácilmente disponibles y renovables, que no compitan con la producción de alimentos y que apoyen el crecimiento microbiano de manera eficiente. Es por esto que existe una fuerte tendencia en la investigación de los PHA obtenidos a partir de residuos como fuentes de carbono.